生物学家们在这里发现了大量的新物种，它们在艰难的条件下生存下来。其中40多种生物是科学家们首次发现。还有很多盲眼虾类和鱼类，它们依靠地下水中有限的氧气和食物生活。得克萨斯综合大学的海洋生物学家汤姆·埃利弗说：“这里绝对是一个与众不同的世界。我们在那里发现的东西，包括一些生命形态，在其他地方从来没被发现过。”
埃利弗说：“最令我们感到兴奋的是发现了一些生活在淡水和海水交界处的微生物和海绵体，它们很有可能具有潜在的医疗价值，可以治疗包括癌症在内的众多绝症。但是这种研究尚处于早期，我们还需要做大量的科学实验。”
科学家们还在这些坑穴中发现了很多古代文物和史前动物骨骼，包括树獭、兔子，甚至于生活在冰河世纪的猛犸象遗骨。水下探险家萨姆·马赫说：“当你从水里出来，告诉人们下面有大象，你肯定被人认为疯了，但事实就是如此。”
由于人口暴增和旅游开发，“水晶池”的生态系统正遭受破坏。
在过去的30多年里，玛雅人曾经居住过的这个地区，人口暴增了10倍以上，达到100万人，再加上来自美国、欧洲以及世界其他地区的大量游客，使这个水下世界受到严重威胁。环境学家们警告说，当地快速发展的旅游业和服务业制造的大量垃圾已经开始对岩灰坑环境造成污染。
现在当地人们生产的污水都被排入地下深处，尤卡坦半岛1米深的坑穴水系统已经受到每天250吨垃圾的污染；每天数以百计的游客潜入那些向其开放的坑穴，肆意破坏里面的生态系统。马赫讽刺说：“当你意识到这些生物可能用来救你一命的时候，很有可能再也找不到它们的身影了。”
马赫补充说：“我们现在需要一个严谨的计划，既可以发展当地的经济，又可以保护珍贵的水下世界。”